تتألف المحاكم المالية من المجلس الأعلى للحسابات الذي يختص بفحص حسابات الدولة والمؤسسات والمقاولات العمومية، والمجالس الجهوية للحسابات البالغ عددها 12 التي تتولى مراقبة حسابات الجماعات المحلية وهيئاتها، وكيفية قيامها بتدبير شؤونها.

يحدد القانون رقم 62.99، المتعلق بمدونة المحاكم المالية اختصاصات وتنظيم أعمال المحاكم المالية (الكتاب الأول) والمجالس الجهوية للحسابات (الكتاب الثاني)، بالإضافة إلى النظام الأساسي الخاص بقضاة المحاكم المالية (الكتاب الثالث).

يعتمد المجلس الأعلى للحسابات منهجية دقيقة في برمجة مهام المراقبة، تستند إلى تحديد المخاطر، وتقييم القيمة المضافة والأثر المحتمل للمهمة على حياة المواطنين، مع الحفاظ على المرونة اللازمة للاستجابة للقضايا والرهانات الحالية أو الناشئة.

يقوم المجلس الأعلى للحسابات بفحص حسابات الدولة والمؤسسات والمقاولات العمومية، الشركات التي تمتلك الدولة أو المؤسسات العمومية أو الجماعات الترابية رأسمالها بالكامل أو بشكل مشترك.

تمارس المحاكم المالية، من خلال اختصاصاتها القضائية، سلطة فرض العقوبات على الأشخاص الذين ارتكبوا مخالفات تتعلق بسوء تدبير الأموال العمومية.

في حال رصد أفعال تستوجب عقوبة تأديبية، يُبلّغ الوكيل العام للملك هذه الأفعال إلى الجهة المختصة باتخاذ العقوبات التأديبية بحق المعني بالأمر. وإذا تبين أن هذه الأفعال قد تستوجب عقوبات جنائية، يقوم الوكيل العام للملك، بمبادرة منه أو بناءً على طلب من الرئيس الأول، بإحالة القضية إلى الوكيل العام للملك لدى محكمة النقض لاتخاذ الإجراءات المناسبة، ويُخطر الجهة التي يتبع لها المعني بالأمر.

يصدر المجلس الأعلى للحسابات، عند نهاية كل سنة مالية، تقريرًا سنويًا يضم نتائج المهام الرقابية المنجزة. كما يصدر إحالات الرئيس الأول، وتقرير تنفيذ قانون المالية، والتصريح العام بالمطابقة، بالإضافة إلى التقارير الخاصة بمهام مراقبة التسيير والتقارير الموضوعاتية.

ينشر المجلس الأعلى للحسابات التقارير السنوية التي تتضمن جميع المهام المنجزة خلال تلك السنة.

كما تنشر سنويًا تقرير تدقيق حسابات الأحزاب السياسية، وتقرير تنفيذ قانون المالية، بالإضافة إلى نتائج فحص حسابات الحملات الانتخابية لوكلاء اللوائح الانتخابية بمناسبة الانتخابات.

وفي إطار مواكبتها للإصلاحات الاستراتيجية للبلاد، يقوم المجلس الأعلى للحسابات بنشر تقارير موضوعاتية تتناول مشاريع وقطاعات متنوعة.

بالإضافة إلى ذلك، ينشر المجلس الأعلى للحسابات مقتطفات من الأحكام والقرارات القضائية التي يصدرها، مع تسليط الضوء على القواعد المستخلصة منها.

جميع التقارير المنشورة متاحة للتحميل عبر البوابة الرسمية للمجلس. كما تنشر هذه التقارير في الجريدة الرسمية.

يولي المجلس الأعلى للحسابات أهمية بالغة للإبلاغات الواردة عليه، حيث وضعت إجراءات دقيقة لتلقيها، ودراستها، ومتابعتها، والتواصل بشأن نتائج معالجتها. 

وفي هذا الإطار، أطلق المجلس منصة إلكترونية مخصصة للإبلاغات، تتيح لكافة الأطراف المعنية، بما في ذلك المواطنات والمواطنين، تقديم إبلاغاتهم وتتبع مراحل معالجتها، مع ضمان سرية هوية المبلغين وحمايتهم.