La Cour régionale des comptes de la région Béni Mellal–Khénifra a été créée par le décret n° 2.15.556 du 5 octobre 2015, relatif à la détermination du nombre des cours régionales des comptes, de leurs appellations, de leurs sièges et de leurs circonscriptions, dans le cadre de la mise en œuvre du nouveau découpage régional du Royaume. Cette Cour a été chargée du contrôle des organismes relevant du ressort territorial de la région Béni Mellal–Khénifra.