La Cour régionale des comptes de la région Tanger-Tétouan-Al Hoceima a été créée par le décret n° 2.02.701 du 29 janvier 2003, lequel a fixé le nombre des cours régionales, leurs appellations, leurs sièges ainsi que leurs circonscriptions. À cette époque, sa compétence couvrait le ressort territorial de la région Tanger-Tétouan.