إن المجلس الأعلى للحسابات مختص أيضا بمراقبة استخدام الأموال العمومية التي تتلقاها المقاولات والجمعيات أو كل الأجهزة التي تستفيد من مساهمة في الرأسمال أو من مساعدة كيفما كان شكلها تلقتها من الدولة أومن مؤسسة عمومية أو من أحد الأجهزة الخاضعة لرقابة المجلس. والهدف من هذه الرقابة هو التأكد من أن الأموال العمومية التي تم التوصل بها قد تم استخدامها طبقا للأهداف المرسومة للمساهمة أو الإعانة.
وفيما يخص مساطر الرقابة وتوجيه الملاحظات وإعداد التقارير فإنها مماثلة لتلك المتبعة في مجال رقابة التسيير.
طبقا لأحكام مدونة المحاكم المالية، فإن المجلس الأعلى للحسابات مختص أيضا في مراقبة استخدام الموارد التي تم جمعها من طرف الجمعيات التي تلتمس الإحسان العمومي. وتهدف هذه المراقبة إلى التأكد من أن استخدام الموارد التي تم جمعها يطابق الأهداف المتوخاة من وراء التماس الإحسان العمومي.
وفيما يتعلق بمساطر الرقابة وتوجيه الملاحظات وتهيئ التقارير فإنها مشابهة لتلك التي تتبع في ميدان مراقبة التسيير.